À la différence de l'auditeur externe, l'auditeur interne est salarié de l'entreprise qu'il audite. Son rôle est d'analyser les procédures et les méthodes de travail en vigueur dans la structure qui l'emploie, afin d'en améliorer le fonctionnement. Dans le rapport rédigé qu'il adresse à la direction, il est censé border les risques potentiels liés au fonctionnement de l'entreprise, et introduire un certain nombre de bonnes pratiques. Situé à l'interface des instances dirigeantes et des employés, il doit être fin diplomate, avoir un sens critique très développé, et être polyvalent.